Da zebrafinken blev opdaget i starten af 1800-tallet fik den det videnskabelige navn Taeniopygia guttata. I årenes løb er der blevet flyttet lidt rundt på navnene. I mange år hed zebrafinken derfor Poephila gutatta, fordi man mente, at den var i nært beslægtet med mange andre australske pragtfinker, især bæltefinkerne. I 1987 offentliggjorde Les Christidis en DNA analyse af de australske pragtfinker. På baggrund af denne analyse foreslog han, at zebrafinken fik sit gamle navn, Taeniopygia, tilbage, hvilket er blevet generelt anerkendt blandt folk, der forsker i den slags. Zebrafinkens nærmeste slægtning er ringastrilden, som ved samme lejlighed også blev placeret i Taeniopygia familien.
_x000D_
_x000D_
Zebrafinken findes i to anerkendte underarter; der er Taeniopygia guttata guttata og Taeniopygia guttata castanotis.
_x000D_
_x000D_
Taeniopygia guttata guttata var den, der blev beskrevet først, og kaldes derfor nominantracen. Derfor er de to sidste navne det samme (guttata guttata). På dansk hedder den Timor Zebrafinke.
_x000D_
_x000D_
Taeniopygia guttata castanotis er den australske underart. Af udseende adskiller den sig især fra Timor Zebrafinken ved at have zebrastriber på brystet, hvilket Timor Zebrafinken kun i nogle tilfælde har en svag antydning af.
_x000D_
_x000D_
De videnskabelige navne kaldes ofte for latinske navne. Ikke desto mindre kommer zebrafinkens navne fra græsk. Taeniopygia kommer fra tainia, der betyder bånd og pyge, der betyder gump eller hale. Guttata betyder plettet (med hentydning til flankerne). Castan betyder kastanie og otis betyder øre. Den australske zebrafinke er altså en båndhalet plettet kastanieøre!